无论从药学内部还是外界来看，临床药师缺失自己的知识体系的现状令人担忧。从内部来看，因为没有自己的知识体系，无论是学会组织还是临床药师，无能解释自己的实践的理论，对临床药学的发展趋势认识不清，更不知道如何解决越来越多的问题，只好借用临床知识，用“临床思维”说支持自己的实践。
    就外界来说，随着临床药师的崛起，人们对临床药师抱有越来越巨大的不确定性。其中，对临床药师的误解起着关键的作用。这种外界误解多半是因为临床药师的封闭，从事临床药学的药师人太少，圈子太小。临床药师无法律支持，体制运作很多方面仍然很不透明，药学服务窄，在继续阻碍着外界对临床药师的客观认识。透明度越高，越能帮助外人理解临床药师。临床药师在这方面的确还有很多的空间需要改进。
    没有知识体系的一个严重结果，就是临床药师没有自己的临床话语权。临床药师努力借用医学的临床思维尤其是西方的临床药学知识体系来认识自己，解释自己。借用他人的话语权来向他人推广自己，这是中国临床药师界所面临的一种困境。很多临床药师意识到了西方的临床药学不可能解释不了中国的临床药学实践。但是在实践上怎样呢?他们不是努力去发展中国自己的临床药学知识体系，而是继续使用西方的临床药学概念和理论。在中国这块土地上生存着无数的西方临床药学专家、西方临床药学工作者、西方药事管理家，但却没有自己的知识体系。结果呢?大家越说越糊涂，越解释越不清楚。当然，也有一些人想关起门来，搞知识层面的“自主创新”的临床药学模式。其结果也只是自说自话，说一些除了自己之外谁也听不懂的东西。
    这是一种什么样的现状?简单地说，这是一种临床药师的思维、思想“被殖民”的状态。西方就是真理，就是科学，这是一个根深蒂固的心理状态。视西方为真理，为科学，那么非西方的包括中国的临床药学本身的就是“非真理”，“非科学”了。长期以来，那些追求“非西方”的临床药学知识的努力，被视为是“不正确”的模式。
    如果没有自己的临床药学知识体系，难有原始创造力，就不可能变得强大。任何一个知识体系都是基于自身的实践之上。正因为如此，其有能力解释自身，有能力聚合各种力量与团结使有药师。实践是开放的，临床药学知识体系也是开放的，这就决定了基于实践之上的知识体系具有无限的创造能力。在临床上，则可以表现临床药师强大的软力量。更重要的是，没有自己的临床药学知识体系，可持续发展也会受到制约。没有自己的临床药学知识体系，可以应用国外的知识，但不会创新。一个严酷的现实是，一旦涉及到创新，人们在中国看到的最多的是山寨文化，山寨概念和山寨理论。抄袭知识、复制知识，做大量毫无附加值的临床药学知识复制，是目前中国临床药师界的大趋势。实际上，只有拥有了自己的临床药学知识体系，才会拥有真正的原始创造力