关于药品包装破损随货通行入机的问题

请问在我们收货过程中由于有一件包装破损，单子上10件货我们实收9件，退回一件，厂家给补货，但厂家不能给补同批号的了，只能再补一个另外批号的附带一件的随货同行，但是原来10件单子不能给改成9件的，这种情况我们可以把那个10件的单子上注明实收9件结合让厂家出具一个证明说收到了那个包装破损的予以补货的证明，我们电脑上入九件货可以吗？

也有人说可以这样操作：在你那个10件货的随货通行单子注明一下破损1件，拒收，实际入库9件，让厂家出具一个收到1件货的退货证明即可。至于再补发1件货，异批号，可以视同一笔新的购进业务，与上次无关系。

那么请教大家，怎么把账务做平，让检查人员无异议？

直接退货一件，不是更好吗？另外1件就是上面说的一样。